Son agentes infecciones que pueden provocar enfermedades a su huésped. Se trata de microorganismos, como virus, hongos y bacterias, entre otros, que afectan a otros organismos, dando lugar a lesiones y daños en plantas, animales o personas.
En el pasado se incluía cualquier organismo invasivo. Actualmente, existen dos términos diferenciales: los patógenos, donde tienen cabida los hongos y los microorganismos acelulares y procariotas, y los parásitos o eucariotas que transmiten enfermedades parasitarias como protozoos, ectoparásitos o helmintos.
Los agentes patógenos se estudian en ciencia, básicamente en el campo de la Medicina y la Biología. Son los principales causantes de enfermedades al actuar como huéspedes, es decir, necesitan vivir en el interior de otros organismos. Sólo de esa forma logran satisfacer sus necesidades de alimentación y reproducción, generando daños en las células del organismo vivo donde se encuentran.
No todas las bacterias, células procariotas sin núcleo en su interior, actúan como patógenos, todo depende de cómo interactúen con el huésped. Los virus, por su parte, son microorganismos parásitos intracelulares, que precisan las células de su huésped para reproducirse. En cuanto a los hongos, son organismos eucariotas que tienen núcleo intracelular, pared celular y orgánulos membranosos, y pueden actuar de varias formas: infecciones superficiales o infecciones micóticas en órganos o mucosas.
Los priones son otro tipo de patógeno extraño, que carece de material genético, pese a que causa una enfermedad neurodegenerativa letal para la que no hay cura (encefalopatía espongiforme transmisible). Se trata de una proteína de las neuronas, cuya estructura proteica se ve alterada, convirtiéndose en un estado patogénico que conduce a la muerte de neuronas sanas.